Il se caractérise par l'importance accordée à l'enseignement clinique (stage hospitalier). En fin de deuxième cycle, les étudiants doivent valider le Certificat de synthèse clinique et thérapeutique.

La réforme de la deuxième partie du deuxième cycle a profondément modifié l'organisation des enseignements, désormais prodigués sous forme de modules trans-disciplinaires.

Les étudiants ayant validé le deuxième cycle se voient délivrer un diplôme sanctionnant leur cursus (niveau master). Tous les étudiants passent les épreuves classantes nationales ,  qu'ils se destinent à la médecine générale ou à une autre spécialité.